ape 实现 S3 phylo 类，该类通常用于在 R 中存储系统发育树。它通常用于以 Newick/Phylip 和 NEXUS 格式读取、写入和可视化树。它还具有许多用于操作树的功能（例如，对树进行根化、删除尖端、随机解决多叉树）、推断树（例如，邻接连接、bio-nj 和快速 ME 方法）以及执行系统发育比较分析（例如，重建离散和连续特征，拟合性状进化和多样化的基本模型）。它还可以用于生成随机树、从 GenBank 中提取数据，以及创建谱系随时间推移图和相关图。
phylobase 实现 S4 phylo4 类，它将系统发育树和比较数据结合在一起。虽然不像 S3 phylo 类那样常用，但这个新类在实现系统发育比较方法的新包中越来越受欢迎（例如，adephylo 和 phylosignal）。
geiger 实现了一套用于分析性状进化和多样化的模型拟合方法。它最常用于拟合和比较各种离散和连续性状进化的模型（例如，布朗运动、奥恩斯坦-乌伦贝克、佩吉尔变换以及具有趋势的模型）。它也常用于模拟系统发育树以及离散和连续性状的进化。它还有一些辅助函数，这些函数经常被其他包使用。
phytools 具有不断增加的功能范围，用于执行系统发育比较分析和可视化（例如，投影到形态空间）、操作（例如，分支长度缩放和变换、添加提示、查找子树）、读取或写入，甚至推断系统发育树和比较数据。