波妞（ポニョ）
本电影主角，藤本和珂兰曼玛莲的女儿。原本名布伦希尔蒂。有著人面鱼身的外貌。
偷偷离开家时不小心让自己的头卡在玻璃罐里，而这时救了她的就是宗介，宗介把她命名为“波妞”。
有著类似人类的脸而被辰奶奶称为“人面鱼”，因为舔了宗介的血液而成为半人鱼。
对于不喜欢的人物会对著对方用嘴喷水，喜欢的食物是火腿，喜欢的人是宗介，最后为了他而舍弃魔法，变成人类。
宗介（宗介）
保育园“向日葵园”的5岁男孩。心胸宽广又耿直，在悬崖下遇见波妞并决心要保护她，到最后则喜欢上她。
以名字来称呼自己的父母（理莎、耕一）。
年龄虽仅5岁，但已能懂得如何发送摩斯电码。
理莎（リサ）
宗介的母亲。在日间护理服务中心“向日葵之家”工作。
性格开朗明快，平时开著被称呼为“理莎车”（リサカー）的小汽车载著宗介到保育园及通勤，并有著豪迈的驾驶技术。
耕一（耕一）
宗介的父亲。内航货物船“小金井丸号”的船长，因为工作缘故不常在家，聚少离多。常使用摩斯电码和家人对话。
珂蓝曼玛莲（グランマンマーレ）
波妞的母亲。官方设定为海洋之母。海上的船员们看到其闪亮的身姿称其为“观世音”。能自由改变自己的身体大小。
藤本（フジモト）
波妞的父亲。以前是人类，现在是住在海里的魔法师。
在海中驾驶自制的“姥鲨号”（ウバザメ号），有操纵水鱼等魔物的力量及张开结界的能力。平时住在海底的珊瑚塔。
过去曾为海底两万里中鹦鹉螺号的成员，因迷恋珂蓝曼玛莲而自愿舍弃人类的身份投入海中生活。[8]
自1907年开始，用魔法净化、精制海水，从中抽出“生命之水”，储存在珊瑚塔里的井，藤本想利用“生命之水”的力量，使地球再度来到如寒武纪的“海的时代”（希望可以借此来结束憎恨的人类时代），不过却被波妞夺去全部的“生命之水”。
在陆地上时为了防止皮肤干燥，必须在周围洒海洋深层水，被理莎误认为是喷洒除草剂的怪人。
最后与宗介握手言和，并表示以后把波儿交给他照顾。
妇人（婦人）
波妞和宗介遇到的带著孩子的女性。稳重大方。
波妞的妹妹们（ポニョの妹達）
非常喜欢姊姊。帮助波妞逃出。
辰&芳江&纪子（トキ&ヨシエ&のり子）
三者皆为在“向日葵之家”里坐著轮椅（故事最后不再需要坐轮椅）的老奶奶们。
芳江与纪子两人都与宗介关系良好。辰虽常在宗介前一副态度冷淡的模样；但实际上也关心著宗介。