早期（1984-1987）
喬丹在1984-85賽季加入NBA，新秀球季便大放異彩。喬丹很快地成為球迷與媒體的寵兒，他的職業生涯僅僅過了一個月，便登上《體育畫報》的封面，標題為〝一個明星的誕生〞，更被票選為全明星賽的先發球員。初入聯盟第一年的菜鳥受到如此大的關注，引發了一些議論。全明星賽時，底特律活塞明星後衛「微笑刺客」以賽亞·湯瑪斯（Isiah Thomas）策動了一些老球員進行抵制，讓喬丹幾乎拿不到球。賽季結束時，喬丹繳出了平均每場51.5%命中率、得分28.2分、籃板6.5個、助攻5.9次、抄截2.4次，以及單場最高得分49分的驚人數據。最終，他獲得年度NBA最佳新秀獎項，唯一的遺憾是在年度NBA最佳陣容的評選中僅入選第二隊。
喬登在他第二個賽季1985-86賽季的第三場比賽中，他在一次扣籃落地時摔傷，腳部骨折缺席64場比賽，引發外界對他「是否還能飛？」的議論。賽季尾聲喬登及時歸隊，證明自己依然能飛，幫助公牛隊殺入季後賽。季後賽第一輪面對當時的超級強隊波士頓塞爾提克，雖然最終慘遭橫掃，但喬丹在第二場比賽中獨得63分，締造季後賽單場最高得分的歷史紀錄。賽後的記者採訪會上，綠衫軍主將「大鳥」拉里·伯德（Larry Bird）發表了著名的“上帝說”，他評價道：〝Tonight…that was God disguised as Michael Jordan.（今晚...是上帝化身為米高·佐敦。）〞從此，喬登的「神」之名號不脛而走，並在接下來的職業生涯中愈發響亮。
接下來的1986-87賽季，喬登開始衝擊聯盟最佳球員的地位。在常規賽中，他8場得分破50，以平均每場得分37.1分坐穩得分王，並成為了繼威爾特·張伯倫（Wilt Chamberlain）後第二位單季總得分3000分以上的球員。此外他也展現了非凡的防守能力，成為NBA史上第一位完成單季200次抄截、100次阻攻的後衛球員。這個賽季也是喬登第一次入選年度NBA最佳陣容第一隊，並以舉世聞名的罰球線起跳扣籃首次獲得NBA灌籃大賽冠軍。可惜在NBA最有價值球員的投票評選中，他敗給了「魔術」小艾雲·莊遜（Magic Johnson），在年度NBA最佳防守球員的評選中亦名落孫山。對此喬登聲稱下個賽季要少得點分數，123
活塞路障（1987-1990）
在1987-88賽季中，喬登平均每場得分35分、籃板球5.5個、助攻5.9次、搶斷3.2次、蓋帽1.6次。就數據而言，該年後來被認為是喬登職業生涯中攻守兩端最全面的一年。他首次奪下年度NBA最有價值球員，更包攬年度得分王與最佳防守球員，實現去年落選時的誓言，證明自己的全面性。另外，他還獲得NBA明星賽最有價值球員，並二次獲得NBA灌籃大賽冠軍，當年喬丹與阿特蘭大鷹主將「人類精華影片」多米尼克·威尔金斯的對決成為了灌籃大賽史上的經典。在季後賽中，公牛擊敗克里夫蘭騎士，但第二輪以1：4敗給底特律活塞。當賽季前的選秀大會上，公牛先是跟西雅圖超音速交易來了首輪第五順位新秀斯科蒂·皮蓬，接著又在首輪第十順位選擇了「眼鏡俠」霍雷斯·格蘭特，這兩名新人後來成為喬丹重要的左右手。
1988-89賽季，喬登平均每場得分32.5分，籃板球8個和助攻8次，明顯對於得分以外的工作投入更多心力，並往往在關鍵時刻發揮巨大作用。公牛隊憑藉喬登及新秀皮朋和格蘭特的發揮，在東部半決賽中擊敗了紐約尼克斯，但東部決賽再次以2：4不敵底特律活塞的「壞孩子軍團」。在當年度季後賽的第一輪對騎士隊的決勝場，最後三秒，公牛仍落後一分，但喬登在騎士後衛，6呎6吋的埃羅的緊跟防守下，於右側45度角三分線位置接球後向左前突破，在罰球線急停後起跳投射，竟在空中停滯直到躍起封蓋他的埃羅落下後才將球投出手並命中，讓公牛反敗為勝。這就是著名的「THE SHOT」，這是NBA 40多年歷史上，首次出現生死戰絕殺球。喬登驚人的身體素質和關鍵時刻的絕殺能力由此更廣為人知。
1989-90賽季，「禪師」菲爾·傑克森成為公牛總教頭。喬登平均每場得分33.6分，籃板6.9個和助攻6.3次，在最有價值球員評選中名列第3位。公牛隊在東部決賽中3：4第三度被活塞擊敗。不過此時活塞隊的「喬登法則」對喬登的壓制力已經大幅下降。一方面出於喬登個人籃球智商的提升，另一方面也出於公牛隊其他隊員的成長，不再是喬登的「一人球隊」。
三連冠（1991-1993）
主条目：公牛王朝
喬登帶領皮朋和格蘭特一起迎接公牛隊首次的三連霸，公牛的三角戰術日趨成熟。在1990-91賽季，喬登常規賽平均每場得31.5分，6個籃板和5.5次助攻，第二次獲得年度最有價值球員。在他的帶領下，公牛隊打出了當時球隊史上常規賽最佳戰績61勝21負，並在季後賽相繼擊敗了紐約尼克、费城76人、底特律活塞、洛杉矶湖人後，初次奪得總冠軍。從此揭開了公牛王朝的序幕。喬登當之無愧的獲得NBA總決賽最有價值球員。當賽季NBA首次引入了「惡意犯規」此一新規則，活塞隊難以施展過去所謂〝喬登法則〞的兇猛防守，使得喬登在東區決賽如入無人之境，以4:0橫掃活塞隊，賽後活塞隊球員拒絕與公牛隊球員握手。
而在總決賽中喬登則上演了與「J博士」朱利葉斯·厄文（Julius Erving）的動作齊名的一幕，也就是著名的〝THE MOVE〞。在總決賽第二場，喬登火力全開，全場18投15中，連續13球命中，而他命中的第13球則是NBA史上最佳得分動作之一。彼時公牛隊斷球反擊，喬登控球過半場後交給左側的克里夫·萊溫斯頓（Cliff Levingston），萊溫斯頓從籃框左側切入，起跳後迅速傳給已走位至中央半圓弧線的喬登。喬丹接球後運行兩步，沒有助跑便自禁區虛線後起跳，由於“顧慮到帕金斯上來封蓋（喬登賽後語）”，在看起來完全可以單手扣籃的情況下將原本已高舉過籃筐的球收回並從右手換到左手，然後在身體幾乎失去平衡的狀態下自籃框正下方將球擦板入筐，並平穩落地。此球難度之大超乎想像，被稱為「世紀換手」，多年後「T-Mac」特雷西·麥格雷迪（Tracy McGrady）接受採訪時提到自己曾模仿這個動作，不但失敗還險些摔跤，他表示：〝我不認為有任何其他人能夠做出那個動作。〞[7]
1991-92賽季，公牛王朝繼續了它的輝煌。喬登平均每場得分30.1分，得6.4個籃板和6.1次助攻，再次獲得年度最有價值球員，更率領公牛隊打出超越去年的常規賽67勝15負的佳績。公牛隊在總決賽以4-2戰勝波特蘭拓荒者，再次奪得總冠軍，喬登第二次獲總決賽最有價值球員。他更在總決賽第一場再度上演了驚人一幕，創造了NBA總決賽史上最驚人的投籃演出。
當年總決賽開賽前，媒體將所有的焦點全都聚集在兩隊的當家球星「滑翔機」克萊德·崔斯勒（Clyde Drexler）和喬登身上。媒體普遍認為崔斯勒的拓荒者隊獲勝的可能性較高，因為「崔斯勒是比喬登更好的三分射手」。喬登聞後在首場比賽中即發狂般地在三分線外頻頻出手，單上半場就命中六球，而且是連續六球。半場他就得到35分，一舉打破NBA總決賽半場得分紀錄。全場得39分11次助攻，下半場就有9次助攻。最終佐敦帶領公牛隊以122-89完勝拓荒者隊。賽後崔斯勒表示：〝我以為喬登有兩千種假動作，我錯了...他有三千種。〞賽季結束後喬丹沒有休息多少時間，緊接著投入夢幻隊，參加1992年巴塞羅那奧運會並奪得奧運金牌，成就了NBA賽場外另一段偉大傳奇。這一年喬丹成為史上第一位單年囊括NBA年度最有價值球員、NBA總冠軍、NBA總決賽最有價值球員和奧運冠軍的籃球運動員。然而，在他的聲望到達顛峰的同時，媒體開始頻繁報導喬登的負面新聞，關於他好賭的傳聞甚囂塵上。
1992-93賽季，喬登平均每場得分32.6分，得6.7個籃板球和5.5次助攻，但最有價值球員的獎項被鳳凰城太陽的大前鋒「查爾斯爵士」查爾斯·巴克利（Charles Barkley）獲得。在東區決賽中，公牛隊意外地以0:2落後於紐約尼克，有媒體報導喬登之所以發揮不佳是因為他在比賽前晚仍流連大西洋賭場。之後公牛隊以4:2逆轉了系列賽，並擊敗太陽隊第三次奪得NBA總冠軍，喬登個人也連續第三年獲得總決賽最有價值球員。這次總決賽堪稱經典，公牛隊出人意料地在鳳凰城連下兩城取得2:0的領先優勢。移師芝加哥，背水一戰的太陽隊與公牛大戰三次延長賽，終於扳回一局。第四場更是堪稱經典，喬登展示了絕對的統治力狂砍55分，更重要的是關鍵時刻帶領公牛隊戰勝太陽隊。第六場公牛隊憑藉喬登吸引包夾後妙傳給後衛約翰·帕克森（John Paxson）投入三分球反敗為勝，這一幕後來於97年再度上演，不同的是傳球對象換成了史提夫·科爾（Steve Kerr），而受害者則是猶他爵士。
退役與職業棒球（1993-1994）
米高·佐敦伯明罕男爵 – 背号45, 35外野手
打擊：右
投球：右
职业首秀南方聯盟（英语：Southern League (baseball)）：1994年4月8日，代表伯明罕男爵亞利桑那秋季聯盟：1994年，代表斯科茨代爾蠍子最終出场1995年3月10日，代表伯明罕男爵南方聯盟成績 （1994年止）打擊率.202全壘打3打點51亞利桑那秋季聯盟成績打擊率.252
球队
伯明罕男爵（英语：Birmingham Barons）（1994–1995）
史考茲戴爾蠍子（英语：Scottsdale Scorpions）（1994）
喬丹在MLB小聯盟
1993年10月，喬登突然宣佈退役，稱對籃球失去熱情，賽場上已沒有他想追求的事物，稍晚又表示父親被刺殺也是退役的原因之一。他的父親詹姆斯·喬丹於1993年7月23日在北卡羅來納州蘭伯頓的一個高速公路休息區被兩名青少年丹尼爾·格林和賴瑞·馬丁·德莫瑞謀殺，兩人劫持了詹姆斯的凌志轎車，並將他的屍體棄置在南卡羅來納州的一處沼澤，直到8月3日才被發現。警方透過追蹤詹姆斯的手機而成功逮捕這兩名嫌犯，他們後來在審判中被定罪，遭法官判處終身監禁。
在喬登1998年出版的自傳《為了我深愛的運動》中，他提到早在1992年夏天就已萌生了退役的念頭，奧運會後更他感到身心俱疲。外界推測，喬丹受賭博的負面報導纏身，以及他在球隊內部的談話、舉止等不斷被人外流予媒體，是其突然退役的重要原因。喬丹宣佈退休引發了整個聯盟的衝擊，並出現在世界各地報紙的頭版上。
1994年11月1日，公牛隊在芝加哥聯合中心為喬丹舉辦盛大的退役儀式，連同他的23號球衣一起退休。喬丹和他的三個孩子一同拉動繩索，將23號球衣緩緩升上天花板懸掛著。
1994年，更令世人驚奇的是，他與附屬於美國職棒大聯盟球隊芝加哥白襪的美國職棒小聯盟2A球隊伯明罕男爵（英语：Birmingham Barons）（Birmingham Barons）簽約，開始了短暫的棒球職業生涯。在127場比賽中共獲得0.202打擊率，0.289上壘率，88支安打，3支全壘打，51分打點，30次盜壘，0.952守備率和11次守備失誤。
復出（1995）
1993-94賽季，缺少了喬登的公牛隊仍取得55勝27負的佳績，但在東區半決賽中被紐約尼克斯淘汰。然而到了1994-95賽季，受到帕克森退役、格蘭特和B·J·阿姆斯壯等人離隊的影響，公牛隊的表現一落千丈。相對於棒球上的平庸表現，1994年9月9日，喬登在皮朋主辦的一場慈善籃球賽中獨得52分，這一切似乎都在召喚他復出力挽狂瀾。
1995年3月18日，他正式宣佈重返NBA，在簡短的新聞發佈會上說道：「我回來了。（I'm back.）」時任美國總統的比爾·克林頓幽默打趣道：「喬丹的復出將是自我就任總統以來為美國增加的第六百一十萬零一個就業人數」（President Bill Clinton during a press conference saying without encouragement, "The economy has produced 6.1 million jobs since I became president and if Michael Jordan comes back to the Bulls, it will be 6,100,001 jobs."）[8]。在第二天對印第安那步行者的比賽中，他斬獲19分，這場比賽也是NBA自1975年以來電視轉播收視率最高的一場常規賽。雖然已一年半沒有參加NBA比賽，喬登仍打得很不錯。1995年3月29日在對紐約尼克的一場比賽中，他獨得55分。4月他更率領公牛隊取得9勝1負的好成績，並成功打入季後賽。
東區決賽第一場公牛隊惜敗於奧蘭多魔術，喬丹在關鍵的反攻中發生致命失誤，他被魔術隊後衛尼克·安德森（Nick Anderson）從背後將球撥掉。賽後安德森評論道：〝45號終究不如23號，他不再是當年那個令人畏懼的傢伙了。〞在第二場比賽時喬登竟然冒著被聯盟罰鉅款的威脅穿著已退休的23號球衣出場，使得球場的氣氛達到了頂點。他在比賽中得到38分，並贏回了第二場。不過，面對年輕有天賦的「鯊魚」沙奎爾·奧尼爾（Shaquille O'Neal）、「便士」安芬尼·哈達威（Anfernee Hardaway），最終公牛隊還是以2:4遭淘汰。
二度三連冠（1995-1998）
主条目：公牛王朝
米高·佐敦與教練菲爾·杰克遜（1997年）
米高·佐敦在舊波士頓花園球場灌籃
在芝加哥的“米高·佐敦餐廳”（1993年）
米高·佐敦的球衣球鞋在芝加哥歷史博物館展出
在聯合中心記載喬登的職業生涯成就的牌匾
1995-96賽季，喬丹受到前一季失利的刺激，瘋狂地投入訓練。加上公牛隊向聖安東尼奧馬刺交易來了籃板王「小蟲」丹尼斯·罗德曼，使公牛隊的籃板與防守實力得到大幅強化。公牛在開季的10勝2負後，在接下來的32場比賽中狂勝31場，包括隊史最佳的18連勝，最終以常規賽戰績72勝10負、客場戰績33勝8負締造當時NBA史上最佳的紀錄[註 2]，主場僅輸2場也是史上次佳。喬登、皮朋與羅德曼入選年度最佳防守陣容第一隊，這是NBA史上首次有三名同隊球員入選最佳防守陣容第一隊，喬登以平均每場得分30.1分重拾NBA得分王，更獲得常規賽與明星賽雙料最有價值球員。在季後賽中，公牛隊共僅輸3場球，在東區決賽以4:0橫掃去年淘汰他們的奧蘭多魔術，最後毫無懸念地以4:2戰勝西雅圖超音速（現今之俄克拉荷马城雷霆）獲得第四次總冠軍，當年可謂公牛宰制全聯盟的一年。喬登第四次獲得總決賽最有價值球員，打破魔術強森所保持的紀錄。不過在與超音速隊的對戰中，喬登碰上了頂尖防守者「手套」加里·佩顿，內線又有「雨人」肖恩·坎普（Shawn Kemp）坐鎮，使得他在系列賽中的平均命中率只有41%，這也是喬登唯一一次在總決賽中表現如此之〝差〞。
1996-97賽季，喬登繼續率領公牛隊輕鬆獲得69勝13負的聯盟第一佳績，他以平均每場得分29.6分蟬聯得分王並再度入選最佳防守陣容第一隊，也完成了明星賽史上首位三雙，但年度最有價值球員的獎項被「郵差」卡爾·馬龍拿下。在總決賽中，公牛隊面對西區勁旅猶他爵士，其主將馬龍和「將軍」約翰·斯托克頓是NBA史上最佳的擋拆（Pick and roll/ Pick and pop）組合，喬登的籃球天賦與球場的靈魂作用再一次展現。在第一場中，他以一個壓哨球成功絕殺爵士，前四場雙方戰成2-2平手。喬丹卻在決定性的第五戰前一晚食物中毒，胃病毒引發了發燒及脫水的症狀。這場日後被稱為〝流感之戰（Flu Game）〞的比賽中，喬登抱病上陣仍獨得38分，並在最後25秒時投進逆轉的三分球率領公牛隊於客場以90-88取得勝利。第六戰的最後數秒，所有人都相信公牛隊將清出空間讓喬丹執行最後一擊，然而喬登卻沒有執著於個人英雄主義。他與史蒂夫·科爾在暫停時間討論爵士隊的防守戰術，兩人均同意爵士隊極有可能讓斯托克頓進行包夾，於是約定了讓科爾保持適當距離並在必要時執行最後一擊。隨後喬丹持球進攻，斯托克頓果然丟下科爾上前包夾，他果斷地將球傳給空位的柯爾，後者也不辱使命地投籃命中，最終公牛以4-2贏得第五次總冠軍，而他則再一次當之無愧地獲得總決賽最有價值球員。賽季結束後，公牛隊高層準備重建球隊的流言四起，最終喬登在堅持傑克森、皮朋等人留隊的條件下，與公牛隊續約一年。這一紙合約創下了單季3314萬美元的最高年薪紀錄，喬登表示下個賽季將是「最後之舞」。
1997-98賽季開季賽前的歐洲麥當勞男籃賽，喬登率領的芝加哥公牛在皮朋與羅德曼缺陣的狀態下仍以種子球隊的身分二戰全勝，奪得冠軍。10月18日對奧林匹亞隊，104比78，喬登拿下27分；10月19日對巴黎聖傑土門隊，89比82，喬登拿下28分；賽後也獲選為當屆最有價值球員。
1997-98賽季開季公牛隊卻動盪不已，打的十分艱辛。除了球隊將於賽季結束後重建的流言，皮朋因背傷連續缺賽38場，羅德曼亦逐漸失控與不耐，兩人均為了薪資問題與球隊總經理傑瑞·克勞斯（Jerry Krause）鬧不和，而傑克森與克勞斯的矛盾亦不可調和。戰績僅在中、後段名次間掙扎的公牛隊被認為恐連晉級季後賽都成問題，但喬登率隊挺過了賽季初期的低迷，他不但讓羅德曼重拾對比賽的專注，亦幫助綠葉隊友如盧克·朗利（Luc Longley）打出生涯最佳表現，近賽季中期戰績已回升至聯盟第五位。待皮朋回歸後公牛隊總算恢復完整戰力，最終以62勝20負的聯盟第二佳績次於猶他爵士。已35歲的喬登平均每場得分28.7分仍穩居得分王，前半賽季公牛隊倚賴他力挽狂瀾，優異的表現與領導能力博得了極高評價，喬登第五次獲得常規賽最有價值球員，囊括入選明星隊、明星賽最有價值球員以及最佳防守陣容第一隊。季後賽公牛隊過關斬將順利進入東區決賽，然而面對當年NBA年度最佳教練「大鳥」拉里·伯德執教的印第安納溜馬，卻意外地陷入苦戰。公牛隊的老化帶來了顯著的第四節命中率下滑和防守效率遞減，而「大嘴」雷吉·米勒與「上帝左手」克里斯·穆林兩名神射手的三分投射令公牛隊頭痛不已，足足打滿七場才勝出。該系列賽被譽為NBA史上的經典賽事之一，精采程度猶勝後面的總決賽。
公牛隊進入總決賽再次與去年的強敵猶他爵士對決，前五場雙方互有領先，公牛隊以3-2領先，但剩下的兩場比賽均於猶他主場進行。然而就在第六場比賽開始不久，皮朋的背傷復發，疼痛甚至使他難以彎腰撿球，這無疑對公牛隊十分不利。但喬丹如季初那般挺身而出，包攬了公牛隊大部分的進攻，緊緊咬住比分。比賽終了前，喬登造就了NBA史上最偉大、最經典、最聰明、最戲劇化又略具爭議的傳奇表演〝THE LAST SHOT〞。在比賽的最後41.9秒，公牛隊被斯托克頓投入三分球，以83-86落後，教頭傑克森喊了暫停。比賽重開，喬登接到發球後迅速突破爵士隊防陣上籃，將比分追至85-86。爵士隊發球後傳至前場底線的馬龍，馬龍背對防守他的洛文準備作低位進攻，但冷不防被喬登從右後方的將球盜走。隨後喬登控球至前場，比賽剩餘10秒，面對著布萊恩·羅素，他先向右路突破，然後在罰球弧附近急停。羅素腳步急剎不住而失去重心，那一瞬間喬登甩向背後的左手回來時疑似往羅素的臀部推了一下，使其滑倒在地。由於羅素防守時身體緊貼著喬登左側，加上喬登這一動作看起來非常自然，像是借力使力，難以斷定羅素究竟是自己滑倒的，或是被推倒的。喬登就這樣在無人防守的情況下中距離跳投命中，在比賽還有5.2秒時將比分反超。爵士的最後一擊雖然成功傳到了史托克頓手中，在羅恩·哈珀的干擾下未能命中。最終，公牛以87:86一分優勢再次戰勝爵士，第六次奪得總冠軍並完成第二次三連霸。喬丹總決賽中平均每場得分30分以上，其中第六場得45分佔全隊總得分一半以上，外加抄截4次。這是他第六次獲得總決賽最有價值球員，是排在後面的魔術強森、「大鯊魚」俠客·歐尼爾、「石佛」提姆·鄧肯（均為三次）的整整兩倍。
喬丹在第六場比賽中英雄式的逆轉似乎是他職業生涯的完美句點，隨著傑克森與公牛隊的合約期滿及皮朋和洛文的離隊，喬登於1999年1月13日再次宣佈退休。公牛王朝亦宣告結束。
二度復出（2001-2003）
2000年1月19日，喬登重返NBA。這回他不是以球員身分，而是以華盛頓巫師籃球事務總裁的身份主管球隊的運營，特別是人事方面。一年半期間，他做了一些重要決策，包括交易高薪但缺乏貢獻的朱萬·霍華德，也換掉理查德·漢密爾頓以獲得選秀狀元籤。但在2001年選秀會上以第一順位選擇的誇米·布朗，後來被視為失敗的決定。
喬丹亟思有所作為，但巫師隊並未因他的銳意改革而脫胎換骨。2001年夏季，喬丹前往芝加哥參加了公牛隊的夏季訓練營，又聘請了曾在1986-89年間合作過的公牛隊前教頭道格‧柯林斯（Doug Collins）來執教巫師隊。媒體開始猜測他為了提升巫師隊的票房與競爭力，將有可能再度復出。
2001年9月10日，為助巫師隊從谷底翻身，38歲的喬丹決定再度復出；但是隔天發生震驚世界的九一一恐怖襲擊事件，使其推遲了對外宣佈。9月25日，喬丹正式宣佈在華盛頓巫師復出，並將他象徵性的薪資200萬美元全部捐獻給九一一恐怖襲擊事件的受害者。
2001-02賽季，喬登復出率領年輕的華盛頓巫師，改打小前鋒位置，巫師隊主場比賽的觀眾場場爆滿，喬丹的球衣銷售量也名列前茅。然而右膝軟骨的撕裂傷讓他只打了60場比賽，且在確定無緣季後賽後，最後7場比賽平均上場時間只有20分鐘。高齡39歲的喬登平均每場命中率41.6%、得分22.9分、籃板5.2個、助攻5.2次、搶斷1.42次，雖然已無法像過去那般支配比賽，但仍是巫師隊中表現最好的；他還數次投進反敗為勝的絕殺球（Buzzer-beater），更於2001年12月29日對夏洛特黃蜂的比賽中攻下51分。巫師隊的戰績37勝45負（勝率.451）比起前一賽季的19勝63負（勝率.233）大幅提升，可見喬丹在場上的影響力仍然十分顯著。
2002-03賽季，帶著膝蓋水腫的喬丹在季初以替補球員身分上場，取得平均每場得分20.0分、籃板6.1個、助攻3.8次、搶斷1.5次的成績，其中44.5%的投籃命中率及82%的罰球命中率均比前一賽季出色。儘管已40歲，他仍有42場得分20分以上，9場30分以上，3場40分以上的表現。2003年2月21日面對紐澤西籃網，他成為了史上唯一一位40歲以上得到43分的球員。不過巫師隊的戰績只能與前一賽季持平，最終仍無法晉級季後賽。喬登職業生涯第14場也是最後一場全明星賽，他先拒絕了「AI」艾倫·艾佛森（Allen Iverson）與「T-Mac」特雷西·麥格雷迪（Tracy McGrady）的禮讓，不過在賽前仍接受了飽受輿論壓力的「加拿大航空」文斯·卡特（Vince Carter）所讓出的先發位置。喬丹超越「天鈎」卡里姆·阿布都·賈霸成為全明星賽總得分最高的球員，終場前更演出了令人讚嘆的後仰跳投一度逆轉比分。
眾所皆知這將是喬丹最後一個賽季，華盛頓MCI中心的門票被搶購一空，巫師隊成為第二受關注的球隊，主場場均20,172名觀眾，客場場均19,311名觀眾。喬丹作客芝加哥聯合中心的最後一場比賽，獲得了全場觀眾四分鐘的起立鼓掌喝采。邁阿密熱火於2003年4月11日宣佈將23號球衣永遠退役以向喬丹致敬，儘管他從未為熱火隊打過一場球。2003年4月16日，作客費城的比賽是40歲喬登職業生涯的最後一場比賽，他貢獻了15分。比賽最後幾分鐘，在全場觀眾的熱烈要求下，本已下場休息的喬登重新上場並投進了他最後兩個罰球後再度下場，全場21,257名觀眾、76人隊球員和費城官員為他起立鼓掌長達3分鐘之久。